規定所稱小三通航線船舶及小三通航線船舶運輸業者，指依試辦金門馬祖澎湖與大陸地區通航實施辦法及運輸工具進出口通關管理辦法，經交通部核准並向海關完成登記，航行於離島兩岸通航港口與經交通部核定之大陸地區港口間之船舶及該船舶所屬運輸業者。所稱國內航線船舶及國內航線船舶運送業者，指航行於離島港口與本島港口間之船舶及該船舶所屬運送業者，轉運海運快遞貨物之裝卸地點，以設有海關之港口為限。

轉運海運快遞貨物艙單、報單應以電腦連線或電子資料傳輸方式向海關申報，轉運海運快遞貨物應以符合國際標準之貨櫃裝運，並限以原櫃加封電子封條執行本島與離島間轉運貨櫃移動安全監控。

轉運海運快遞貨物限由船舶以直航方式於本島卸存地港口與離島暫存地港口間載運，並應於進口艙單及出口報單所載本島卸存地港口管制區內之海運快遞貨物專區直接辦理進出口通關，不得再次轉運。倉儲業者於辦理轉運海運快遞貨物進出站（棧）時，應依「貨櫃（物）動態傳輸作業規定」，傳送貨櫃（物）相關動態訊息。

小三通航線船舶運輸業者或其代理人或受委託之報關業者，應派有充足人力在轉運貨物裝卸地點協助辦理相關轉運作業事宜。

至於轉運出口海運快遞貨物作業程序，訂艙作業（本島）貨物輸出人向小三通航線船舶運輸業者完成訂艙手續，取得離島海關通關號碼，憑以辦理出口報關。出口報關作業（本島）貨物輸出人應於完成訂艙取得離島海關通關號碼後，以本島海運快遞貨物專區所在地海關為出口報單受理關別，辦理出口報關。併櫃加封作業（本島），本島海運快遞貨物專區業者應憑海關出口貨物放行通知（N5204）辦理併櫃作業，並於併櫃作業完成後，由本島海關稽查（倉棧）單位辦理電子封條加封作業。卸存進儲作業（離島），轉運進口貨櫃經小三通航線船舶運輸業者或其代理人依前款規定辦妥貨櫃卸船及電子封條加封作業後，應即進儲卸貨准單或特別准單所載離島暫存地，等待轉運。但以原船轉運本島者，於電子封條加封後，得即裝回原船。

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